При эксплуатации дизельных котлов температура разогрева теплоносителя должна быть не менее 70°, чтобы избежать достижения точки росы. У вас котел долгое время работает в конденсатном режиме, то есть при температуре не выше 55°. В таких условиях вода смешивается с отходами отработанных газов и образует агрессивную кислотную жидкость, разъедающую сталь теплообменника, отсюда и протечка. С турбированным котлом будет такая же картина, поскольку дело здесь не в дымоходе, а в степени нагрева. Рекомендуем пригласить на место специалиста для оптимизации работы дизельной горелки с прибором газоанализатором.