Если бы это не был твердотопливный котел, вам бы помогла настройка горелки по прибору газоанализатору. Но в вашем случае очень многое зависит от качества топлива, а это сложно контролировать. Кроме вида древесины, имеет значение влажность пеллет, которая не должна превышать 16%. Возможно, процесс горения у вас идет при большом подпоре воздуха, от этого сгорание топлива неполное. Попробуйте уменьшить подачу воздуха в камеру сгорания. Практикуйте более частую чистку топки – для начала два раза в месяц, и понаблюдайте, будут ли изменения в работе котла.